Το ΙΤΕ ιδρύθηκε το 1983 ως Ερευνητικό Κέντρο Κρήτης και σήμερα αποτελεί το μεγαλύτερο Ερευνητικό Κέντρο της Χώρας, με δέκα Ερευνητικά Ινστιτούτα και τρεις Ειδικές Δομές που δραστηριοποιούνται σε οκτώ πόλεις της Ελλάδας (πέντε Ινστιτούτα και η Κεντρική Διεύθυνση εδρεύουν στο Ηράκλειο), το οποίο λειτουργεί υπό την εποπτεία της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Καινοτομίας του Υπουργείου Ανάπτυξης.

Το ΙΤΕ επικεντρώνεται σε καινοτόμες διεπιστημονικές ερευνητικές κατευθύνσεις μεγάλου επιστημονικού, οικονομικού και κοινωνικού ενδιαφέροντος, με υψηλή προστιθέμενη αξία. Τα Ινστιτούτα του δραστηριοποιούνται σε τομείς που καλύπτουν τις Φυσικές Επιστήμες, τις Επιστήμες Μηχανικών, τη Βιοϊατρική καθώς και τις Ανθρωπιστικές και Κοινωνικές Επιστήμες. Συνεργάζεται στενά με κορυφαίους Ακαδημαϊκούς και Ερευνητικούς φορείς αλλά και την Βιομηχανία στην Ελλάδα και το εξωτερικό, δίνοντας έμφαση στην εκπαίδευση και κατάρτιση νέων επιστημόνων. Συνεισφέρει σημαντικά στην Περιφερειακή Ανάπτυξη στις περιοχές όπου δραστηριοποιείται και έχει πρωταγωνιστικό ρόλο στον σχεδιασμό και την υλοποίηση στρατηγικών Έξυπνης Εξειδίκευσης στην Ελλάδα.